Методы выявления мутагенной активности химических соединений.
I.
Бактериальный тест Эймса Salmonella/микросомы.Тест на индукцию мутаций у Salmonella typhimurium является бактериальной тест-системой для учета обратных мутаций от ауксотрофности по гистидину к прототрофности при действии химических соединений и/или их метаболитов, индуцирующих мутации типа замены пар оснований или сдвига рамки считывания в геноме этого организма.
Для определения наличия промутагенных соединений, мутагенная активность которых связана с активностью их метаболитов, используется система метаболической активации in vitro. Если в тестируемом образце содержатся мутагенные или промутагенные химические соединения, то они будут индуцировать обратные мутации от ауксотрофности к прототрофности по гистидину у гистидин-зависимых штаммов Salmonella typhimurium [1,2].
1.1. Бактериальные штаммы
В работах по выявлению мутагенной активности химических соединений или сложных смесей обычно используют тест-штаммы S. typhimurium ТА ТА1535, ТА100, ТА1537, ТА97, ТА1538, ТА98, сконструированные в лаборатории Эймса из исходного штамма S. typhimurium LT-2 дикого типа (Ames et.al., 1971, 1973). Все эти штаммы содержат различного типа мутации в гистидиновом опероне, что приводит к их ауксотрофности по гистидину. Генотипы тест-штаммов S. typhimurium приведены в таблице.
Тестерные штаммы Salmonella typhimurium*
Добавочные маркеры |
Мутации в гистидиновом опероне |
||||||
ЛПС |
репа -рация |
R -фактор |
his G46 |
hisC207 |
hisC3076 |
hisD3052 |
his O1242 his D6610 |
+ |
D uvrB |
– |
TA1950 |
TA1951 |
TA1952 |
TA1534 |
– |
rfa |
+ |
– |
TA1975 |
TA1976 |
TA1977 |
TA1978 |
– |
D gal |
D uvrB |
– |
TA1530 |
TA1531 |
TA1532 |
TA1964 |
TA89 |
rfa |
D uvrB |
– |
TA1535 |
TA1536 |
TA1537 |
TA1538 |
TA90 |
rfa |
D uvrB |
pKM101 |
TA100 |
– |
TA2637 |
TA98 |
TA97 |
+ |
+ |
pKM101 |
TA92 |
– |
TA2425 |
TA94 |
TA110 |
* Пути получения тест-штаммов подробно описаны в работах
Ames et al., 1973; McCann et al., 1975; Levin et al., 1982.
Наличие мутагенного эффекта у исследуемых соединений учитывают по индукции ими обратных мутаций (реверсий) к прототрофности по гистидину.
Хранение индикаторных штаммов. Штаммы хранят в слое 0,6% МПА под стерильным вазелиновым маслом. Культуру из-под масла пересевают на косяки 2% МПА. С косяков культуру засевают в виде суспензии в МПБ. Периодически при пересевах на новые косяки штаммы проверяют на соответствие их генотипу.
1.2. Проверка генотипа тест
- штаммовАуксотрофность по гистидину. Суспензию бактерий (0,25 мл) проверяемого штамма в буферном растворе переносят в пробирки с 0,6% полужидким агаром (в данном случае этот агар не содержит гистидина). Содержимое пробирок помещают на нижний 1,5% минимальный агар. После застывания верхнего слоя (20-30 мин) в центре чашки помещают стерильный диск из фильтровальной бумаги, на который наносят 0,05 мл раствора L-гистидина (4 мг/мл) или дистиллированной воды. Чашки инкубируют 48 часов. Наличие зоны роста культуры вокруг диска при нанесении на него гистидина и отсутствие такой зоны в контроле указывают на наличие у штамма ауксотрофности по гистидину.
Наличие у бактерий плазмиды pKM101. Бактерии штаммов TA 98 и TA 100 наносят штрихом на поверхность чашки с 1,5% МПА, содержащим ампициллин в концентрации 50 мкг/мл. Чашки инкубируют 18 часов при 37° С. Рост культуры по следу петли свидетельствует о наличии у бактерий фактора резистентности к ампициллину, т.е. плазмиды pKM101. При выращивании штаммов, несущих pKM101, в МПА или в жидкую среду вносят ампициллин (50 мкг/мл).
Наличие мутации rfa. Суспензию бактерий культуры переносят в пробирки с 0,6% МПА (0,25 мл суспензии в пробирку) и помещают на слой нижнего 1,5% МПА. На застывшую поверхность агара помещают стерильный бумажный диск, на который наносят 0,01 мл 0,1% раствора кристаллвиолета. Чашки инкубируют 18 часов при 37° С. Прозрачные зоны ингибирования роста культуры вокруг диска указывают на наличие, а отсутствие такой зоны – на отсутствие мутации rfa.
1.3. Питательные среды и растворы
Все среды и растворы готовят на дистиллированной воде и после приготовления стерилизуют автоклавированием или кипячением.
Мясо-пептонный агар (МПА) 1,5% и 2%: 15 и 20 г агара соответственно на 1000 мл мясо-пептонного бульона (МПБ).
Водный агар 2%: 20 г агара на 1000 мл воды.
Солевой концентрат: цитрат натрия трехзамещенный – 2 г, K2HPO4 × 3H2O – 42 г, KH2PO4 – 18 г, (NH4)2SO4– 4 г, вода – до 1000 мл, pH = 7.2.
Раствор глюкозы 20%
: D-глюкоза – 200 г, вода – 800 мл.Раствор сернокислого магния 1%
: MgSO4 × 7H2O – 1 г на 99 мл воды.Минимальная среда: готовят на основе солевого концентрата. Последний разводят в 4 раза стерильной дистиллированной водой.
Селективный агар 1,5% (нижний слой): водный агар – 300 мл, солевой концентрат – 100 мл, раствор глюкозы – 10 мл, раствор сернокислого магния – 2 мл.
Полужидкий минимальный агар 0,6%: агар – 7 г,
NaCl – 6 г, вода – до 1000 мл.Раствор гистидина 0,5 мМ: 9,6 мг
L-гистидина солянокислого в 100 мл воды.Раствор биотина 0,25 мМ: 6,1 мг биотина в 100 мл воды.
Верхний полужидкий полуобогащенный агар: полужидкий минимальный агар 0.7% – 80 мл, раствор гистидина – 10 мл, раствор биотина – 10 мл. Смесь разливается в пробирки по 2,0 мл или по 2,5 мл.
Раствор хлористого калия 0,15 М: 11,5 г
KCl в 1000 мл воды.Фосфатный буфер 0,2 М, рН 7,4: готовят отдельно 0,4 М раствор
KH2PO4 (27,2 г в 500 мл воды) и 0,4 М раствор K2HPO4 × 3H2O (45,6 г в 500 мл воды). Сливают 19 мл первого раствора и 81 мл второго. После измерения рН объем буфера доводят до 200 мл.Раствор хлористого калия и хлористого магния для микросомальной активирующей смеси
: KCl – 9,8 г, MgCl2 × 6H2O – 6,5 г, вода – до 1000 мл.Раствор натриевой соли глюкозо-6-фосфата 50 мМ: готовили непосредственно перед составлением микросомальной активирующей смеси.
Раствор НАДФ (никотинамидадениндинуклеотид фосфат) 40 мМ: готовили непосредственно перед составлением активирующей смеси.
1.4. Стандартная процедура тестирования
Приготовление бактериальной суспензии. 5 мл ночной культуры S.typhimurium вносили в 100 мл МПБ и подращивают до плотности 2-3 х 108 клеток/мл при 37° С с подкачиванием. Культуру центрифугируют при 4000 об/мин 15 минут, осадок ресуспендируют в 30-40 мл 0,02М фосфатного буфера (для этого 0,2М буфер разводили водой 1:10), повторно центрифугируют в этом же режиме и ресуспендируют в том же буфере до плотности 109 клеток/мл.
Приготовление микросомальной активирующей смеси. На 10 мл активирующей смеси берут 5 мл 0,2М фосфатного буфера, 1 мл раствора KCl и MgCl2, 1 мл 50 мМ раствора глюкозо-6-фосфата, 1 мл 40 мМ раствора НАДФ, 3 мл фракции S-9 печени крыс.
Проведение эксперимента. Растворы исследуемых образцов готовят в стерильной дистиллированной воде или диметилсульфоксиде (ДМСО) в стандартных концентрациях 0.1, 1.0, 10.0, 100.0, 1000.0 мкг/мл. Во всех случаях растворы препаратов готовят с таким расчетом, чтобы при внесении в смесь 0,1 мл раствора доза образца чашку соответствовала бы необходимой по условиям опыта.
Селективный полуобогащенный агар (0.6%) в пробирках плавят в водяной бане при температуре 100° С и помещают в термостатируемую водяную баню с температурой 45-46° С.
Вначале в пробирки с агаром вносят 0,1 мл раствора тестируемого образца в необходимых дозах (0,1 мл раствора стандартного мутагена в необходимых концентрациях или 0,1 мл стерильного растворителя), затем – 0,1 мл суспензии бактерий. После этого вносили 0.5 мл микросомальной активирующей смеси. Все добавки делают вне бани, затем содержимое пробирки быстро перемешивают и выливают на слой нижнего минимального агара на чашки Петри. Продолжительность времени внесения микросомальной активирующей смеси и разлива полужидкого агара на чашки не должна превышать 10-15 секунд. Чашки оставляют при комнатной температуре 30-40 мин и после полного застывания агара переносят в термостат на 37° С. Учет результатов проводят через 48-72 часа инкубации.
Параллельно в опыт включают варианты с активирующей смесью и без нее. В состав первой входят: суспензия бактерий, исследуемый препарат, фракция S-9 печени крыс и кофакторы. В вариантах без активации в пробирки с полужидким агаром вносят соответствующий объем стерильной воды. В вариантах без активации может быть зарегистрировано действие прямых мутагенов, т.е. соединений, проявляющих мутагенный эффект за счет активности исходной структуры вещества. Действие же промутагенов, т.е. соединений, эффект которых связан с образованием мутагенных метаболитов, может быть учтено при сравнении результатов, полученных при испытании образца в вариантах с активацией и без нее.
Эксперимент сопровождают позитивными контролями. В качестве позитивных контролей используют вещества, индуцирующие мутации у соответствующих штаммов-тестеров при наличии или отсутствии условий активации.
Для вариантов без активации используют 2-нитрофлуорен для штамма TA98, азид натрия для штамма TA100. Активность фракции S-9 контролируют, используя параллельно в вариантах с активацией и без нее бенз[а]пирен или 2-аминоантрацен, соответственно.
В каждом контрольном и опытном вариантах используют по 3 чашки. Эксперимент повторяют дважды. Результаты учитывают при наличии мутагенного эффекта во всех вариантах позитивного контроля.
1.5.
Данные должны быть представлены в виде количества ревертантных колоний на чашку. Как для тестируемого образца так и позитивных контролей указывается количество колоний для каждой чашки, среднее количество ревертантных колоний на чашку и стандартное отклонение. Если ни в одном из вариантов на данном штамме S.typhimurium не получено статистических значимых результатов, эксперимент прекращают. В случае обнаружения позитивного опыта опыт повторяют с целью подтверждения эффекта, причем работу ведут только на том штамме (штаммах), на котором выявлен эффект. Если максимальный эффект зарегистрирован на одной из промежуточных доз (такая ситуация бывает при работе с веществами, обладающими бактерицидными свойствами), прибегают к дроблению доз. При этом за среднюю дозу испытуемого вещества принимают дозу, на которой был выявлен максимальный эффект. При проведении повторного опыта используют шкалу доз в 2 и 5 раз меньше и больше средней дозы.
Если при проведении повторного опыта эффект не обнаруживается, проводится еще один дополнительный опыт результат которого сравнивают с первыми двумя экспериментами. Заключение о наличии или отсутствии мутагенной активности испытуемого соединения делают на основании двух опытов с совпадающими результатами. Для оценки результатов тестирования могут использоваться соответствующие статистические методы, например, попарных сравнений Даннета [4].
Критериями позитивного результата являются или статистически достоверное зависимое от дозы увеличения числа ревертантов, или воспроизводимый и статистически достоверный ответ по крайне мере в одной экспериментальной точки. Тестируемый образец, не вызывающий статистически достоверного зависимого от дозы увеличения числа ревертантов или воспроизводимого и статистически достоверного ответа для какой-либо экспериментальной точки, рассматривается как образец не обладающий мутагенной активностью
1.6.
ОтчетностьПротокол представления результатов оценки мутагенной активности химического соединения или иного образца в тесте по учету генных мутаций у бактерий должен содержать следующие сведения:
Название эксперимента:
Тестерные микроорганизмы:
Вид____________________
штаммы__________________
Химическое соединение
Название _______________________________________
Откуда получено____________________________ ____
Растворитель________________________
Позитивный контроль___________________
Анализ данных литературы:
Схема эксперимента:
Дата проведения
(начало, окончание, отдельные эксперименты) ______________
способ обработки ______________
дозы __________________________
количество повторностей,
количество чашек на дозу ________________
система метаболической активации ___________________________
Полученные результаты
-
индивидуальные результаты для каждой культуры;-
среднее количество ревертантных колоний на чашку;-
стандартное отклонение;Публикации (по результатам работы):
Список цитированной литературы:
Исполнители:
Литература
1.
Методы первичного выявления генетической активности загрязнителей среды с помощью бактериальных штаммов (методические указания). М.1985, 34 с.2.Mortelmans K., Zeiger E. The Ames Salmonella/microsome mutagenicity test// Mutat.Res., 2000. V.455. P.29-60.
3.
4.
Статистическая обработка данных тестирования на мутагенность// Методические указания. Вильнюс, 1989.